Der heutige Mini Cooper wird als geschlossenes Modell, seit Frühjahr 2004 als Cabrio (88 kW/120 PS) und seit September 2007 in der Clubman-Version als Lifestyle-Kombi (88 kW/120 PS) angeboten. Ebenfalls seit September 2007 ist der Mini Cooper D mit einem 80 kW/110 PS starken Dieselmotor auf dem Markt. Die Weiterentwicklung des Mini Cooper, der noch schnellere Mini Cooper S, leistet regulär 128 kW/175 PS und in seiner rasantesten Version als Mini John Cooper Works (JCW) 155 kW/211 PS.
Ein Facelift Ende 2006 brachte neben einer Optimierung in Bezug auf den Fußgängerschutz und etwas vergrößerten Abmessungen einen Turoblader für den Cooper S; seit dem Modelljahr 2008 sind alle Mini-Modelle außer dem JCW mit dem BMW EfficientDynamics ausgestattet.
Als BMW im Jahr 2000 die sechs Jahre zuvor übernommene Rover Group wieder verkaufte, verblieben die Marken Mini und Mini Cooper als einzige bei BMW. Die drei Modelle werden seitdem laufend weiterentwickelt: Ende Februar 2006 kam zum Beispiel der Mini Cooper S mit 6-Gang-Automatik auf den Markt, und seit 2004 gibt es mit der Mini Challenge eine eigene Rennsportserie für Einsteiger und Amateure: Der – nicht straßenzulassungsfähige – Mini John Cooper Works Challenge kommt mit einem speziell auf den Rennsport abgestimmten Gewindefahrwerk, Heckdiffusor und Hochleistungsfrontspoiler und kostet aktuell 41.930 Euro.